Πώς να διαβάσετε έναν χάρτη πλασμιδίου

Ένας πλασμιδικός χάρτης είναι οι σχετικές θέσεις των στοιχείων μέσα στο πλασμίδιο. Ένας χάρτης πλασμιδίου μπορεί να διαβαστεί κατανοώντας τα χαρακτηριστικά του πλασμιδίου. Είναι το όνομα και το μέγεθος του πλασμιδίου, τα στοιχεία του πλασμιδίου, οι σχετικές θέσεις τους και ο προσανατολισμός του προαγωγέα. Η αρχή της αντιγραφής (ORI), το γονίδιο ανθεκτικότητας στα αντιβιοτικά, η θέση πολλαπλής κλωνοποίησης (MCS), το ένθετο ή το γονίδιο ενδιαφέροντος, η περιοχή προαγωγέα, ο επιλέξιμος δείκτης και η θέση δέσμευσης εκκινητή είναι τα στοιχεία ενός πλασμιδίου. Οι σχετικές θέσεις των στοιχείων σε ένα πλασμίδιο μπορούν να προσδιοριστούν με χαρτογράφηση του πλασμιδίου. Η διαδικασία που εμπλέκεται στη χαρτογράφηση των πλασμιδίων ονομάζεται χαρτογράφηση περιορισμού.

Βασικές περιοχές που καλύπτονται

1. Τι είναι ο πλασμιδικός χάρτης
     – Ορισμός, Χαρτογράφηση περιορισμών
2. Πώς να διαβάσετε έναν πλασμιδικό χάρτη
     – Χαρακτηριστικά ενός Plasmid MapP

Βασικοί όροι:Στοιχεία, όνομα και μέγεθος του πλασμιδίου, προσανατολισμός του υποκινητή, χάρτης πλασμιδίου, ένζυμα περιορισμού, χαρτογράφηση περιορισμού

Τι είναι ένας Χάρτης Plasmid

Ένας πλασμιδικός χάρτης είναι μια γραφική αναπαράσταση ενός πλασμιδίου, η οποία δείχνει τις θέσεις των κύριων ορόσημων ή στοιχείων του πλασμιδίου. Οι σχετικές θέσεις των στοιχείων μέσα σε ένα πλασμίδιο μπορούν να αναγνωριστούν με χαρτογράφηση περιορισμού . Ένας χάρτης περιορισμού είναι ένας χάρτης θέσεων αναγνώρισης περιορισμού μέσα σε ένα συγκεκριμένο πλασμίδιο. Ως εκ τούτου, εμπλέκεται στην πέψη του πλασμιδίου από ένζυμα περιορισμού. Ένας χάρτης περιορισμών εμφανίζεται στην εικόνα 1 .

Εικόνα 1:Χάρτης περιορισμών

Δύο μέθοδοι μπορούν να χρησιμοποιηθούν στη χαρτογράφηση περιορισμών:

1. Περιορισμός Πέψης

– Πέψη περιορισμού του πλασμιδίου με ένα ή δύο ένζυμα περιορισμού

– Χαρτογράφηση του πλασμιδίου με βάση τα μεγέθη των θραυσμάτων που προέκυψαν από το πλασμίδιο

2. Αλληλουχίας

– Αλληλουχία ολόκληρου του πλασμιδίου

– Αναγνώριση των στοιχείων του πλασμιδίου

Πώς να διαβάσετε έναν Plasmid Map

Εικόνα 2:Χάρτης πλασμιδίου

Η ανάγνωση ενός χάρτη πλασμιδίου εστιάζει κυρίως στα χαρακτηριστικά του πλασμιδίου. Είναι;

1. Το όνομα και το μέγεθος του πλασμιδίου

• Το όνομα και το μέγεθος του πλασμιδίου υποδεικνύονται στη μέση του κυκλικού πλασμιδίου.

2. Τα στοιχεία ενός πλασμιδίου –

• Προέλευση αντιγραφής – η αλληλουχία DNA που εμπλέκεται στην έναρξη της αντιγραφής με τη στρατολόγηση του βακτηριακού μεταγραφικού μηχανισμού.
• Γονίδιο ανθεκτικότητας στα αντιβιοτικά – επιτρέπει την επιλογή βακτηρίων που περιέχουν πλασμίδιο σε ένα εκλεκτικό μέσο.
• Πολλαπλή θέση κλωνοποίησης – μια σύντομη αλληλουχία που αποτελείται από πολλές θέσεις αναγνώρισης περιορισμού για την εισαγωγή ξένου θραύσματος DNA
• Εισαγωγή – το γονίδιο ενδιαφέροντος που εισάγεται στο πλασμίδιο
• Περιοχή προαγωγέα – θέση δέσμευσης για RNA πολυμεράση κατά τη διάρκεια της μεταγραφής
• Επιλέξιμος δείκτης – επιτρέπει την επιλογή της επιτυχούς έκφρασης του εισαγόμενου γονιδίου
• Θέση δέσμευσης εκκινητή – χρησιμεύει ως θέση έναρξης για την ενίσχυση PCR του πλασμιδίου για προσδιορισμό αλληλουχίας

3. Οι σχετικές θέσεις των στοιχείων μέσα στο πλασμίδιο

• Οι σχετικές θέσεις των πλασμιδικών στοιχείων χαρτογραφούνται με περιοριστική χαρτογράφηση ή αλληλουχία.

4. Ο προσανατολισμός του υποκινητή

• Ο προσανατολισμός του προαγωγέα εντός του πλασμιδίου είναι σημαντικός για τον προσδιορισμό του προσανατολισμού όλων των άλλων στοιχείων του πλασμιδίου, ιδιαίτερα του προσανατολισμού του εισαγόμενου γονιδίου. Η μεταγραφή ξεκινά στο 3' άκρο του προαγωγέα. Ως εκ τούτου, το γονίδιο θα πρέπει να έχει τον σωστό προσανατολισμό για να εκφραστεί.

Συμπέρασμα

Ένας πλασμιδικός χάρτης μπορεί να διαβαστεί κατανοώντας τα χαρακτηριστικά του χάρτη πλασμιδίου, όπως το όνομα και το μέγεθος του πλασμιδίου, τον τύπο των στοιχείων στο πλασμίδιο και τις σχετικές θέσεις τους και τον προσανατολισμό του προαγωγέα.

Αναφορά:

1. «Τι είναι ένα πλασμίδιο;» Προσθήκη , Διαθέσιμο εδώ.

Εικόνα Ευγενική προσφορά:

1. «Χάρτης PDONR221» By Nothingserious – Αναλύστε την ακολουθία:pDONR221. Addgene. Ανακτήθηκε στις 24 Ιανουαρίου 2016 (CC0) μέσω Commons Wikimedia
2. «PGEX-3X cloning vector» By Magnus Manske – Δημιουργήθηκε από Magnus Manske (CC BY-SA 3.0) μέσω Commons Wikimedia