Διαφορά μεταξύ RNA Seq και Microarray

Η κύρια διαφορά μεταξύ RNA Seq και μικροσυστοιχίας είναι ότι η RNA Seq (RNA Sequencing) επιτρέπει την ανάλυση νέων παραλλαγών RNA και RNA, ενώ η μικροσυστοιχία επιτρέπει την ανάλυση του μεταγραφώματος με τη χρήση γνωστών ανιχνευτών RNA . Επιπλέον, το RNA Seq είναι μια τεχνική που βασίζεται στην αλληλουχία, ενώ η μικροσυστοιχία βασίζεται στον υβριδισμό.

Η αλληλουχία RNA και η μικροσυστοιχία είναι δύο τεχνικές που χρησιμοποιούνται για την ανάλυση του μεταγραφήματος , το οποίο είναι το συνολικό mRNA που εκφράζεται ενός οργανισμού. Επιτρέπουν τον προσδιορισμό των τύπων των μορίων RNA που σχηματίζονται σε ένα καθορισμένο κυτταρικό στάδιο.

Βασικές περιοχές που καλύπτονται

1. Τι είναι το RNA Seq
     – Ορισμός, Διαδικασία, Σημασία
2. Τι είναι το Microarray
     – Ορισμός, Διαδικασία, Σημασία
3. Ποιες είναι οι ομοιότητες μεταξύ RNA Seq και Microarray
     – Περίγραμμα κοινών χαρακτηριστικών
4. Ποια είναι η διαφορά μεταξύ RNA Seq και Microarray
     – Σύγκριση βασικών διαφορών

Βασικοί όροι

Ανάλυση γονιδιακής έκφρασης, υβριδισμός, μικροσυστοιχία, αλληλουχία RNA, αλληλούχιση

Τι είναι το RNA Seq

Αλληλουχία RNA (Αλληλουχία RNA) είναι μια τεχνική που καθορίζει την αλληλουχία των μορίων RNA σε ένα δείγμα. Το RNA Seq περιλαμβάνει ανάλυση αλληλουχίας με κυνηγετικό όπλο υψηλής απόδοσης των μορίων cDNA. Το cDNA λαμβάνεται από την αντίστροφη μεταγραφή των μορίων RNA. Ο προσδιορισμός αλληλουχίας επόμενης γενιάς περιλαμβάνει τον προσδιορισμό της αλληλουχίας του cDNA. Το RNA Seq επιτρέπει τον προσδιορισμό της αλληλουχίας RNA και της σχετικής αφθονίας τους.

Εικόνα 1:Διαδικασία αλληλουχίας RNA

Το RNA Seq είναι μια εξαιρετικά αξιόπιστη τεχνική με μεγάλο εύρος ευαισθησίας. Ως εκ τούτου, μπορεί να ανιχνεύσει σπάνιες και χαμηλής αφθονίας αλληλουχίες RNA. Το μοναδικό χαρακτηριστικό του RNA Seq είναι η ικανότητά του να αναγνωρίζει νέες αλληλουχίες RNA και τις παραλλαγές ματίσματος.

Τι είναι το Microarray

Η μικροσυστοιχία είναι μια τεχνική που χρησιμοποιείται ευρέως για την ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης ενός συγκεκριμένου οργανισμού. Χρησιμοποιεί καθορισμένους ανιχνευτές που υβριδίζονται με τα μόρια RNA στο δείγμα. Οι μονόκλωνοι ανιχνευτές συνδέονται σε μια στερεή επιφάνεια γνωστή ως τσιπ με την οποία υβριδοποιείται το σημασμένο με φθορισμό δείγμα RNA. Τα δεδομένα αλληλουχίας γονιδιώματος μπορούν να χρησιμοποιηθούν για το σχεδιασμό ανιχνευτών.

Εικόνα 2:Διαδικασία μικροσυστοιχίας

Για ένα γρήγορο και εύκολο πείραμα, η μικροσυστοιχία είναι η καλύτερη τεχνική στην ανάλυση γονιδιακής έκφρασης. Ωστόσο, οι ανιχνευτές πρέπει να είναι σχεδιασμένοι με τέτοιο τρόπο ώστε να ανιχνεύουν επίσης παραλλαγές ματίσματος.

Ομοιότητες μεταξύ RNA Seq και Microarray

• Η αλληλουχία RNA και η μικροσυστοιχία είναι δύο τεχνικές που χρησιμοποιούνται στην ανάλυση γονιδιακής έκφρασης.
• Μπορούν να ανιχνεύσουν τους τύπους μορίων RNA που υπάρχουν σε ένα δείγμα σε καθορισμένο χρόνο.
• Εξαρτώνται από την αλληλουχία RNA.
• Και οι δύο τεχνικές μπορούν να καθορίσουν την πρωτογενή αλληλουχία και τη σχετική αφθονία του RNA σε ένα δείγμα.
• Η αναπαραγωγιμότητα και των δύο τεχνικών είναι υψηλή.

Διαφορά μεταξύ RNA Seq και Microarray

Ορισμός

Το RNA Seq αναφέρεται σε μια τεχνική που βασίζεται σε αλληλουχία που ανιχνεύει τις αλληλουχίες RNA σε ένα δείγμα, ενώ η μικροσυστοιχία αναφέρεται σε μια τεχνική που βασίζεται σε υβριδισμό που χρησιμοποιείται για την ανίχνευση της παρουσίας συγκεκριμένων αλληλουχιών RNA μέσα σε ένα δείγμα.

Με βάση

Το RNA Seq είναι μια τεχνική που βασίζεται στην αλληλουχία, ενώ η μικροσυστοιχία είναι μια τεχνική που βασίζεται σε υβριδισμό που γίνεται με υπάρχοντες ανιχνευτές.

Προσδιορισμός νέων ακολουθιών

Η αλληλουχία RNA μπορεί να αναγνωρίσει νέες αλληλουχίες RNA που υπάρχουν σε ένα δείγμα, ενώ η μικροσυστοιχία μπορεί να αναγνωρίσει μόνο γνωστές αλληλουχίες.

Ευαισθησία

Η ευαισθησία του RNA Seq είναι υψηλή ενώ η ευαισθησία της μικροσυστοιχίας είναι συγκριτικά χαμηλή.

Ακρίβεια

Η ακρίβεια των δεδομένων RNA Seq είναι υψηλή ενώ η ακρίβεια των δεδομένων μικροσυστοιχίας είναι συγκριτικά χαμηλή.

Ανίχνευση SNP

Το RNA Seq μπορεί να αναγνωρίσει SNP εκτός από τα de novo SNP για RNA χαμηλής αφθονίας, ενώ η μικροσυστοιχία δεν μπορεί να ανιχνεύσει SNP.

Κόστος

Το RNA Seq είναι ακριβό ($300-$1000/δείγμα) λόγω της εκτεταμένης βιοπληροφορικής ανάλυσης που απαιτείται από τη μέθοδο, ενώ η μικροσυστοιχία είναι λιγότερο ακριβή ($100-200/δείγμα).

Συμπέρασμα

Η αλληλουχία RNA είναι μια τεχνική που βασίζεται στην αλληλουχία που χρησιμοποιείται για τον προσδιορισμό των αλληλουχιών RNA που υπάρχουν στο μεταγραφικό, ενώ η μικροσυστοιχία χρησιμοποιεί συγκεκριμένους ανιχνευτές για να ανιχνεύσει την παρουσία συγκεκριμένων αλληλουχιών στο μεταγραφικό. Η μικροσυστοιχία δεν μπορεί να ανιχνεύσει νέες αλληλουχίες RNA καθώς και λιγότερο άφθονες αλληλουχίες RNA. Όμως, στο RNA Seq, όλες οι αλληλουχίες RNA μέσα στο δείγμα μπορούν να αναγνωριστούν. Επομένως, η κύρια διαφορά μεταξύ RNA Seq και microarray είναι ο τύπος ανίχνευσης.

Αναφορά:

1. Kukurba, Kimberly R., and Stephen B. Montgomery. "Αλληλουχία RNA και Ανάλυση." Cold Spring Harbor protocols 2015.11 (2015):951–969. PMC. Ιστός. 3 Ιουλίου 2018, Διαθέσιμο εδώ
2. Govindarajan, Rajeshwar et al. "Microarray και οι εφαρμογές του." Journal of Pharmacy &Bioallied Sciences 4.Suppl 2 (2012):S310–S312. PMC. Ιστός. 3 Ιουλίου 2018, Διαθέσιμο εδώ

Εικόνα Ευγενική προσφορά:

1. "Σύνοψη του RNA-Seq" Του Thomas Shafee – Δικό έργο (CC BY 4.0) μέσω Commons Wikimedia
2. "Summary of RNA Microarray" Του Thomas Shafee – Δικό έργο (CC BY 4.0) μέσω Commons Wikimedia